Tussen de Virga Jessebasiliek en de abdij van Herkenrode is er een bijzondere band. De Luikse revolutie en de Franse revolutionairen zorgen in 1796 voor een abrupt einde aan het verhaal van 600 jaar cisterciënzerinnen op Herkenrode.In 1803 komen in de basiliek enkele zeer waardevolle stukken uit de voormalige abdijkerk terecht.
Het barokke hoofdaltaar (1681) komt uit de kerk van de abdij. Ook de grafmonumenten van twee abdissen, Anna Catharina de Lamboy (1653-1675) en Barbara de Rivière d’Arschot (1728-1744), die aanvankelijk in de abdijkerk stonden, kan je nu in de Virga Jessebasiliek bewonderen.